home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Windows Expert / Windows Expert.iso / utility / macaw103.zip / PAM120.SCR < prev    next >
Text File  |  1991-07-30  |  3KB  |  55 lines
  1. MacawScoreFile ::= {
  2.   version { major 1, minor 02 },
  3.  
  4.   scores {
  5.     title      "PAM 120",
  6.     seq-type   amino,
  7.     symbol-set "ARNBDCQZEGHILKMFPSTWYV",
  8.     score-table {
  9.       {  3,-3, 0, 0, 0,-3,-1,-1, 0, 1,-3,-1,-3,-2,-2,-4, 1, 1, 1,-7,-4, 0 }, 
  10.       { -3, 6,-1,-2,-3,-4, 1,-1,-3,-4, 1,-2,-4, 2,-1,-4,-1,-1,-2, 1,-6,-3 }, 
  11.       {  0,-1, 4, 3, 2,-5, 0, 0, 1, 0, 2,-2,-4, 1,-3,-4,-2, 1, 0,-5,-2,-3 }, 
  12.       {  0,-2, 3, 4, 3,-6, 0, 1, 2, 0, 1,-3,-5, 0,-4,-6,-2, 0,-1,-7,-4,-3 }, 
  13.       {  0,-3, 2, 3, 5,-7, 1, 2, 3, 0, 0,-3,-5,-1,-4,-7,-2, 0,-1,-8,-5,-3 }, 
  14.       { -3,-4,-5,-6,-7, 9,-7,-7,-7,-5,-4,-3,-7,-7,-6,-6,-3,-1,-3,-8,-1,-2 }, 
  15.       { -1, 1, 0, 0, 1,-7, 6, 4, 2,-3, 3,-3,-2, 0,-1,-6, 0,-2,-2,-6,-5,-3 }, 
  16.       { -1,-1, 0, 1, 2,-7, 4, 5, 3,-2, 1,-3,-3,-1,-3,-6,-1,-2,-2,-7,-5,-3 }, 
  17.       {  0,-3, 1, 2, 3,-7, 2, 3, 5,-1,-1,-3,-4,-1,-4,-6,-1,-1,-2,-8,-4,-3 }, 
  18.       {  1,-4, 0, 0, 0,-5,-3,-2,-1, 5,-4,-4,-5,-3,-4,-5,-2, 1,-1,-8,-6,-2 }, 
  19.       { -3, 1, 2, 1, 0,-4, 3, 1,-1,-4, 7,-4,-3,-2,-4,-2,-1,-2,-3,-5,-1,-3 }, 
  20.       { -1,-2,-2,-3,-3,-3,-3,-3,-3,-4,-4, 6, 1,-2, 1, 0,-3,-2, 0,-7,-2, 3 }, 
  21.       { -3,-4,-4,-5,-5,-7,-2,-3,-4,-5,-3, 1, 5,-4, 3, 0,-3,-4,-3,-5,-3, 1 }, 
  22.       { -2, 2, 1, 0,-1,-7, 0,-1,-1,-3,-2,-2,-4, 5, 0,-6,-2,-1,-1,-5,-6,-4 }, 
  23.       { -2,-1,-3,-4,-4,-6,-1,-3,-4,-4,-4, 1, 3, 0, 8,-1,-3,-2,-1,-7,-4, 1 }, 
  24.       { -4,-4,-4,-6,-7,-6,-6,-6,-6,-5,-2, 0, 0,-6,-1, 8,-5,-3,-4,-1, 4,-3 }, 
  25.       {  1,-1,-2,-2,-2,-3, 0,-1,-1,-2,-1,-3,-3,-2,-3,-5, 6, 1,-1,-7,-6,-2 }, 
  26.       {  1,-1, 1, 0, 0,-1,-2,-2,-1, 1,-2,-2,-4,-1,-2,-3, 1, 3, 2,-2,-3,-2 }, 
  27.       {  1,-2, 0,-1,-1,-3,-2,-2,-2,-1,-3, 0,-3,-1,-1,-4,-1, 2, 4,-6,-3, 0 }, 
  28.       { -7, 1,-5,-7,-8,-8,-6,-7,-8,-8,-5,-7,-5,-5,-7,-1,-7,-2,-6,12,-1,-8 }, 
  29.       { -4,-6,-2,-4,-5,-1,-5,-5,-4,-6,-1,-2,-3,-6,-4, 4,-6,-3,-3,-1, 8,-3 }, 
  30.       {  0,-3,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-2,-3, 3, 1,-4, 1,-3,-2,-2, 0,-8,-3, 5 }
  31.     },
  32.  
  33.     -- Statistical constants computed according to 
  34.     -- Karlin & Altschul (1990).  Proc.Natl.Acad.Sci.USA  87, 2264-2268.
  35.  
  36.     stats-table {
  37.       --   m   lambda  kappa
  38.         {  2, 0.336,  0.179 },
  39.         {  3, 0.255,  0.177 },
  40.         {  4, 0.202,  0.137 },
  41.         {  5, 0.165,  0.096 },
  42.         {  6, 0.137,  0.068 },
  43.         {  7, 0.117,  0.050 },
  44.         {  8, 0.101,  0.039 },
  45.         {  9, 0.089,  0.032 },
  46.         { 10, 0.080,  0.027 },
  47.         { 11, 0.072,  0.024 },
  48.         { 12, 0.066,  0.021 },
  49.         { 13, 0.060,  0.019 },  -- estimated
  50.         { 14, 0.055,  0.018 },  -- estimated
  51.         { 15, 0.051,  0.017 },  -- estimated
  52.     { 16, 0.048,  0.016 }}  -- estimated
  53.     }
  54. }
  55.